מדבר יהודה הוא אזור שומם טרשי ונטול צל, אשר שימש בתקופות ההיסטוריות מקום מפלט למלכים, מורדים, ונזירים. בימי החשמונאים נבנתה מצודה בלב המדבר אשר שימשה להטמנת אוצרות המלוכה, וגם למפלט. בתקופה הביזנטית מדבר יהודה קיבל צביון רוחני כאשר עשרות מנזרים נוסדו בו. בסיור נגיע לתצפית על מנזר מר סבא המפורסם, ונזחל לתוך מנהרה מסתורית מתחת להורקניה.
מדבר יהודה נהנה ממוניטין של קדושה בעולם הנוצרי. לפי המסורת הנוצרית לאחר שהוטבל שהה ישו 40 יום ו40 לילה במדבר, ועמד בפני פיתויי השטן. החל מהמאה הרביעית נזירים נוצרים התיישבו במדבר יהודה בנסיון להתחקות אחר אורח חייו הסגפני והאוטופי של ישו עצמו. ב479 לספירה התישב על גדת הקדרון נזיר קפדוקי בשם סבאס. לפי המסורת בדרך נס נוצר שם מעין, והוא נותר לגור במערה במקום. בשל הילת קדושתו הצטרפו אליו מאמינים שונים, ולבסוף נוסד במקום מנזר. בשונה משאר ממנזרי מדבר יהודה, מנזר מר סבא נותר מיושב ברצף מאז התקופה הביזנטית, והוא מכיל גם ספריה חשובה ועתיקה.
הכניסה למנזר מוגבלת, אבל ניתן בכל עת להגיע לצוק שמול המנזר ולהתפעל מיופיו.
הורקניה היתה המצודה החשמונאית הראשונה שנבנתה במדבר יהודה, וכנראה משקפת את היציבות והעושר שצבר המלך החשמונאי יוחנן הורקנוס. יותר מאוחר הורדוס גם השתמש במתחם לכלוא את מתנגדיו, ובהורקניה אף קבר את בנו אנטיפטרוס, לאחר שחשד כי הוא בוגד בו (מלחמת א ח ב-ה). לאחר ביקור הנזיר הנודע סבאס במקום, בתקופה הביזנטית הפך המקום למנזר, אשר שימש עד המאה ה14. ב1923 התיישבו בו מחדש נזירים יווניים, אך הם נטשו אותו ב1939.
בשנות ה60 של המאה ה20 איתר חוקר המגילות שתי מנהרות בבסיס הדופן הצפונית של הורקניה. הוא חפר אותן בצורה חלקית, והפסיק בשל העדר ציוד חפירה מתאים. הוא שיער שאולי המנהרה קשורה לאחת מנקודות ההטמנה של אוצרות המתוארת במגילת הנחושת. בשנים 1999-2007 חשף אורן גוטפלד את המנהרות במלואם. אחת מהן הגיעה לעומק של כ50 מטר, והשניה לעומק של למעלה מ100 מטר (!). אך לצערה של המשלחת שתי המנהרות היו ריקות. בביקור במקום נזחל לתוך אחת המנהרות וננסה לשער את תפקידה המקורי.
מצודת הורקניה משקיפה על בקעת הורקניה המתיחדת בנופים יחודיים, ועדרי כבשים וגמלים. בחלקה הצפוני נמצאת מקום קודש מוסלמי הטוען להיות מקום קבורתו של משה. אף שהמקום אינו תואם את התאור המקראי, א-נבי מוסא משמש מוקד צליינות מוסלמי מאז התקופה המאה העשירית לספירה. רוב המבנה נבנה בתקופה הממלוכית, כפי שמעיד הן סגנונו, והן כתובות המשולבות במבנה. נסיים את הסיור בביקור במקום.
לאחר מותו, נקבר סבאס בתוך המנזר הקרוי על שמו, אך בעת הפלישה הפרסית גופתו הוברחה מהמנזר לקונסטנטינופוליס. במאה ה13 הגופה הועברה לונציה והוטמנה בכנסיית אנטוניוס הקדוש. בעקבות ביקור האפיפיור, פאולוס השישי, בארץ הקודש, ב1965 הוחזרה הגופה למנזר, שם היא מצויה עד עצם היום הזה.